Στο πλαίσιο λειτουργίας της ΣΧΟ λειτουργούν τα παρακάτω τμήματα:
α. Τμήμα Προκεχωρημένης Εκπαίδευση Αξκων (Ο).
β. Τμήμα Διοικητών Υπομονάδων Αξκών (Ο)
γ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης Αξκων (Ο).
δ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης ΔΕΑ (Ο).
ε. Τμήμα Εκπαίδευσης Υπαξιωματικών.