Στο πλαίσιο λειτουργίας της ΣΧΟ λειτουργούν τα παρακάτω τμήματα:

α. Τμήμα Προκεχωρημένης Εκπαίδευση Αξκων (Ο).

β. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης Αξκων (Ο).

γ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης ΔΕΑ (Ο).

δ. Τμήμα Εκπαίδευσης Υπαξιωματικών.