Στο πλαίσιο λειτουργίας της ΣΧΟ λειτουργούν τα παρακάτω τμήματα:
α. Τμήμα Προκεχωρημένης Εκπαίδευση Αξκων (Ο).
β. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης Αξκων (Ο).
γ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης ΔΕΑ (Ο).
δ. Τμήμα Εκπαίδευσης Υπαξιωματικών.