Στο πλαίσιο λειτουργίας της ΣΧΟ λειτουργούν τα παρακάτω τμήματα:

α. Τμήμα Προκεχωρημένης Εκπαίδευσης Αξκων (Ο).

β. Τμήμα Διοικητών Υπομονάδων Αξκων (Ο),

γ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης Αξκων (Ο).

δ. Τμήμα Βασικής Εκπαίδευσης ΔΕΑ (Ο).

ε. Τμήμα Εκπαίδευσης Υπαξιωματικών (Ο).